Nel 2006 fu avviato in collaborazione con diversi Enti un cantiere pilota sia per indagare la possibilità di recuperare i tratti originali della decorazione della Sala delle Asse, sia per determinare il tipo di degrado in atto sulle pitture. Furono affiancate allo studio della decorazione indagini chimiche, di diagnostica fotografica e furono eseguiti saggi di pulitura. È stato verificato che tutta la superficie decorata presentava un ingente inquinamento salino, provocando danni irreparabili.

Le analisi effettuate su alcuni campioni di intonaco della volta, ritenuti originari quattrocenteschi, hanno evidenziato la stessa composizione  del monocromo rimasto sulle pareti nord e ovest,  rivelando di essere coerenti per epoca e per metodo d’esecuzione.

Durante la campagna di restauro sono state analizzate anche le quattro targhe commemorative con iscrizioni dorate poste al centro di ogni lato della volta. È risultato confermato il rifacimento integrale dell’intonaco nella targa del lato sud, mentre su quella posta sul lato ovest è stato trovato il pigmento originario azzurro chiaro e lo strato di preparazione bianco rosato. Le targhe del lato est e del lato nord conservano ancora l’intonaco originale.